Вроде как без разницы когда кефир пить, главное чтобы желудок относительно пустой был. Только, имхо, кефир больше для профилактики годится, если есть какая либо пищевариельная проблема, лучше пробиотиками пролечиться.
Наверное лекарственные препараты более эффективны, но мне хотелось бы обойтись натурпродуктом, очень не хочется организм лишней химией загружать.